Toν Μαϊο του 1999 η έκδοση του πρώτου τεύχους του Αρχειοταξίου αποτέλεσε ένα εκδοτικό γεγονός που σχολιάστηκε πολύ θετικά από τον ημερήσιο και περιοδικό τύπο, τόσο για το περιεχόμενο του, όσο και για την αισθητική του μορφοπλασία. Σε συνδυασμό με την ανταπόκριση που βρήκε η περιοδική έκδοση των ΑΣΚΙ στο ενδιαφερόμενο κοινό, που εκφράστηκε και με τον σημαντικό αριθμό όσων ενεγράφησαν συνδρομητές, αποτέλεσαν ενθαρρυντικές παροτρύνσεις για τη συνέχιση του εγχειρήματος.

Στο κέντρο των δραστηριοτήτων των ΑΣΚΙ, στο χρόνο που πέρασε, βρέθηκε το διεθνές συνέδριο για τους Εμφυλίους Πολέμους στην Ευρώπη του 20ού αιώνα, το οποίο συνδιοργάνωσαν τα ΑΣΚΙ, τo Διεθνές Ινστιτούτο Κοινωνικής Ιστορίας (Άμστερνταμ), το Ίδρυμα Φελτρινέλι (Μιλάνο) και το Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης και Ιστορίας του Παντείου Πανεπιστημίου. Στις αρχές Νοεμβρίου, εκ μέρους των ΑΣΚΙ, η Ι. Παπαθανασίου, ο Αντ. Λιάκος, ο Φ. Ηλιού και ο Σπ. Ασδραχάς παρουσιάσαν, σε συνέντευξη τύπου, το πρόγραμμα και τους σκοπούς του συνεδρίου. Τα ΑΣΚΙ υποχρεώθηκαν να αναβάλλουν το συνέδριο, το οποίο προβλεπόταν να διεξαχθεί από τις 18 έως τις 20 Νοεμβρίου 1999, εξαιτίας της αλλαγής μετακίνησης της ημερομηνίας της επίσκεψης του Προέδρου των ΗΠΑ Μπιλ Κλίντον. Τελικώς, το συνέδριο πραγματοποιήθηκε από τις 24 έως τις 26 Φεβρουαρίου2000, με μεγάλη επιτυχία, στην Αθήνα, σε αίθουσα του Παντείου Πανεπιστημίου.

Πρόθεση των οργανωτών του συνεδρίου ήταν, εξήντα χρόνια μετά τη λήξη του ισπανικού και πενήντα μετά τη λήξη του ελληνικού εμφυλίου, να μελετηθούν οι ευρωπαϊκοί εμφύλιοι πόλεμοι του 20ού αιώνα, όχι μεμονωμένα, αλλά σε συγκριτική οπτική, με τρόπους που να αναδεικνύουν τους κοινωνικούς μηχανισμούς που λειτούργησαν στη διάρκειά τους, τις συλλογικές συμπεριφορές, τις ιδεολογικές συνιστώσες καθώς και τις διεθνείς συναρτήσεις στο πλαίσιο των οποίων εκδηλώθηκαν. Είκοσιπέντε ειδικοί από οκτώ χώρες (Αγγλία, Γαλλία, Γιουγκοσλαβία, Ελλάδα, ΗΠΑ, Ιταλία, Ολλανδία και Ρωσία), συζήτησαν για τους εμφύλιους πολέμους ως ιστορικά γεγονότα, με συγκεκριμένες αφορμές και αίτια, ως αποτέλεσμα ιστορικών συγκυριών και ιδεολογικών παραμέτρων. Στον προθάλαμο του αμφιθεάτρου "Σάκης Καράγιωργας", στο Πάντειο Πανεπιστήμιο, όπου έλαβαν χώρα οι εργασίες του συνεδρίου, διοργανώθηκε από το περιοδικό "Αντί" έκθεση με αρχειακά τεκμήρια και φωτογραφίες για τον ελληνικό εμφύλιο πόλεμο από τις συλλογές των ΑΣΚΙ και της Εταιρείας του Ελληνικού και Λογοτεχνικού Ιστορικού Αρχείου (ΕΛΙΑ). Τη δεύτερη ημέρα του συνεδρίου, μετά το τέλος της απογευματινής συνεδρίας, προβλήθηκε αρχειακό κινηματογραφικό υλικό από τον ισπανικό εμφύλιο πόλεμο σε συνεργασία με τις Ταινιοθήκες της Ελλάδας και της Ισπανίας και με την επιμέλεια της κας Μαρίας Κομνηνού.

Τα πενήντα χρόνια από τη λήξη του ελληνικού εμφυλίου έδωσαν επίσης αφορμή για μια σειρά αφιερωμάτων στον ημερήσιο και περιοδικό τύπο, στα οποία συνεργάστηκαν μέλη της Εταιρείας των ΑΣΚΙ. Σε διαδοχικά τεύχη του περιοδικού "Αντί" από τον Σεπτέμβριο ως τον Δεκέμβριο του 1999 (επιμέλεια: Ι. Παπαθανασίου), στο αφιέρωμα της Ελευθεροτυπίας στις 15 Οκτωβρίου του 1999, στο ένθετο " Βιβλιοθήκη " (επιμέλεια: Β. Καραμανωλάκης), στο αφιέρωμα της Καθημερινής, ένθετο " Επτά Ημέρες " (Νοέμβριος 1999) χρησιμοποιήθηκαν αρχειακά τεκμήρια, φωτογραφίες και έντυπα από τις συλλογές των ΑΣΚΙ για τον εμφύλιο.
Τον Δεκέμβριο κυκλοφόρησε, από τις εκδόσεις "Θεμέλιο", στη σειρά των δημοσιευμάτων των ΑΣΚΙ, το βιβλίο της Άννας Ματθαίου και της Πόπης Πολέμη Διαδρομές της Μέλπως Αξιώτη 1947-1955. Μαρτυρίες και κείμενα από τα Αρχεία Σύγχρονης Κοινωνικής Ιστορίας. Καρπός συστηματικών ερευνών, κυρίως στις σειρές της Διαφώτισης του ΚΚΕ, η ανασυγκρότηση του "φακέλου" της Μέλπως Αξιώτη οδήγησε σε μια διεισδυτική ιστορική προσέγγιση των όρων και των πλαισίων μέσα στα οποία μπόρεσαν να εργασθούν και να ζήσουν οι διανοούμενοι/πολιτικοί πρόσφυγες, στα χρόνια του εμφυλίου πολέμου και της υπερορίας. Στις 19 Ιανουαρίου το βιβλίο παρουσιάστηκε στο κατάμεστο από κόσμο αναγνωστήριο των ΑΣΚΙ. Για το βιβλίο μίλησαν ο Θόδωρος Μαλικιώσης, η Χρύσα Προκοπάκη, η Λίζυ Τσιριμώκου, ο Φίλιππος Ηλιού και οι δυο συγγραφείς.

Στη διάρκεια αυτού του χρόνου συνεχίσθηκε με εντατικούς ρυθμούς ο εμπλουτισμός των αρχειακών συλλογών και της βιβλιοθήκης των ΑΣΚΙ.

Τον Ιούνιο του 1999, ο Παναγιώτης και η Μαίρη Αρώνη κατέθεσαν στα ΑΣΚΙ τη συλλογή τους με τεκμήρια και χειροτεχνίες από τις φυλακές και τις εξορίες, την μετεμφυλιακή περίοδο. Τεκμήρια (γράμματα, κάρτες, χειροτεχνίες) από τη ζωή στις φυλακές πρόσφερε και η Φώφη Λαζάρου. Η δωρεά του αρχείου της Κίνησης "Η Γυναίκα στην Αντίσταση" εμπλούτισε τις συλλογές των ΑΣΚΙ με σημαντικές σειρές τεκμηρίων για το ρόλο της γυναίκας στην Αντίσταση και τεκμήρια για τις γυναίκες που εκτελέστηκαν στην περίοδο 1943-1949. Τον Οκτώβριο, ο Πάνος Δημητρίου προσέφερε στα ΑΣΚΙ το προσωπικό του αρχείο, με σημαντικά τεκμήρια από την πολιτική και συγγραφική του δράση την περίοδο της μεταπολίτευσης μαζί και με σπάνια επονίτικα έντυπα. Στο τέλος του ίδιου μήνα ο Μουμτάζ Κοτάν παραχώρησε στα ΑΣΚΙ για προφύλαξη και επιστημονική χρήση τη συλλογή του με πολύτιμα έντυπα και αρχειακά τεκμήρια από την πρόσφατη ιστορία του κουρδικού λαού στην Τουρκία και στο εξωτερικό.

Στο τέλος του χρόνου, το αρχείο της ΕΚΟΝ Ρήγας Φεραίος εμπλουτίσθηκε με σημαντικά τεκμήρια από την οργάνωση της Θεσσαλονίκης τόσο με την αγορά του Αρχείου του Συμβουλίου Πόλης όσο και με τη δωρεά του Νίκου Μαραντζίδη.

Στη συλλογή τεκμηρίων προφορικής και βιωματικής ιστορίας ήρθαν να προστεθούν 12 κασέτες συνεντεύξεων της Ντούνιας Κουσίδου και του Σταύρου Σταυρόπουλου με μαρτυρίες για την υπόθεση Πλουμπίδη (κλειστή συλλογή). Οι ίδιοι ερευνητές δώρισαν σημαντικά τεκμήρια για το κομμουνιστικό κίνημα την περίοδο της μεταξικής δικτατορίας. Η Γαλάτεια Σακκά πρόσφερε ακόμη συλλογή πολιτικών αφισών της περιόδου της μεταπολίτευσης.

Την ίδια περίοδο εμπλουτίσθηκε με αγορές το αρχείο " Γενικής Διοικήσεως Δυτικής Μακεδονίας- Νομαρχία Κοζάνης" (εγκύκλιοι, εισερχόμενα-εξερχόμενα, εκθέσεις, ονομαστικές καταστάσεις ανταρτοπλήκτων Γρεβενών, δηλώσεις νομιμοφροσύνης), της περιόδου 1928-1960, ενώ επίσης αποκτήθηκε μια σημαντική αρχειακή σειρά τεκμηρίων του "Προκεχωρημένου Κέντρου Πληροφοριών Έβρου" (Π.Κ.Π.Ε.) που τελούσε υπό την εποπτεία του Γενικού Επιτελείου Στρατού την περίοδο 1946-1952 στην περιοχή Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης.

Στις σειρές προσκτήσεων της βιβλιοθήκης του 1999-2000 πρέπει να σημειωθούν κατ΄αρχήν η δωρεά του Διεθνούς Ινστιτούτου Κοινωνικής Ιστορίας (Άμστερνταμ), με σπάνιες εκδόσεις για την ιστορία του διεθνούς σοσιαλιστικού και εργατικού κινήματος, στον 19ο και στις πρώτες δεκαετίες του 20ού αιώνα (περισσότεροι από 450 τίτλοι). Ακόμη το κληροδότημα Δημήτρη Τσίτα, περισσότεροι από 1000 τόμους, κι ανάμεσα τους σπάνιες εκδόσεις των πολιτικών προσφύγων στις ανατολικές χώρες. Η μοναδική αυτή συλλογή της βιβλιοθήκης των ΑΣΚΙ εμπλουτίσθηκε ακόμη περισσότερο με τη δωρεά της Ηλέκτρας Αντωνάκη (110 τόμοι). Η "Βιβλιοθήκη της Εθνικής Αντίστασης" πρόσφερε 102 τόμους στη βιβλιοθήκη των ΑΣΚΙ. Στις νέες προσκτήσεις συγκαταλέγεται η σημαντική δωρεά του Αποστόλη Ανδρέου με μαθητικά-φοιτητικά έντυπα από την περίοδο της δικτατορίας έως σήμερα, καθώς και φωτοτυπημένο σώμα της εφημερίδας Εργάτης που εκδίδονταν στην Σμύρνη, το 1908-1909 (δωρεά Ρένας Σταυρίδη-Πατρικίου). Ακόμη η βιβλιοθήκη των ΑΣΚΙ εμπλουτίστηκε με φυλλάδια, προκηρύξεις, εφημερίδες και περιοδικά της περιόδου 1945-1990 από τους Αλέξανδρο Αργυρίου, Μανόλη Βουρλιώτη, Άγγελο Ελεφάντη, Νίκο Θεοτοκά, Σπύρο Κακουριώτη, Νίκο και Μαρία Καρά, Πέτρο Μακρή-Στάϊκο, Ελένη Μολφέση, Τάκη Μπενά, Χρήστο Παπουτσάκη, Πέτρο Πετρακάκο, Δημήτρη Σωτηρόπουλο, και Γιώργο Τσιάκαλο. Τέλος, στη βιβλιοθήκη της Εταιρείας κατατέθηκε πλήρης σειρά του περιοδικού Journal of Modern Greek Studies από τον John Iatrides.

Σημαντικά τεκμήρια από την ιστορία της ΕΠΟΝ της κατοχικής περιόδου, κείμενα του πρώτου συνεδρίου της και του ιδρυτικού συνεδρίου της ΠΟΔΝ και σημαντικά παράνομα νεολαϊστικα έντυπα κατέθεσε στα ΑΣΚΙ η Φώφη Λαζάρου, κατόπιν εντολής της κατόχου τους.

Τον Μάρτιο του 2000 η Αγνή Σιδερίδου δώρισε τμήμα της βιβλιοθήκης του Λευτέρη Αποστόλου στα Αρχεία. Την ίδια περίοδο περιήλθε στην Εταιρεία η βιβλιοθήκη του Λευτέρη και της Κατίνας Ελευθερίου, με σπάνια έντυπα και φυλλάδια που εκδόθηκαν στο "βουνό" την περίοδο του εμφυλίου πολέμου.

Το διάστημα που πέρασε, σημαντικός αριθμός μελετητών συμβουλεύθηκε τις αρχειακές συλλογές και τη βιβλιοθήκη των ΑΣΚΙ. Η μελέτη της Δήμητρας Λαμπροπούλου Γράφοντας από τη φύλακη. Οψεις της υποκειμενικότητας των πολιτικών κρατουμένων 1947-1960 (Αθήνα 1999, εκδόσεις Νεφέλη), βασίστηκε σε αρχειακό υλικό των ΑΣΚΙ, ενώ ο Νίκος Γουλανδρής στο βιβλίο του, 300 δελτία (1935-1975) για τον Δημήτρη Χατζή δημοσίευσε σημαντικά αρχειακά τεκμήρια από τις συλλογές της Εταιρείας μας για τον γνωστό συγγραφέα.

Αξιοσημείωτη υπήρξε και η χρήση αρχειακών και φωτογραφικών τεκμηρίων από τις συλλογές των ΑΣΚΙ στην τηλεοπτική σειρά " Ρεπορτάζ χωρίς σύνορα ", στον ημερήσιο και περιοδικό τύπο ( "Ιστορικά" της Ελευθεροτυπίας, Συνεπικοινωνία, κ.ά.), καθώς και από την " Εκδοτική Αθηνών " για τον ΙΣΤ' τόμο της Ιστορίας του Ελληνικού Εθνους.

Από τον Ιούλιο έως τον Δεκέμβριο του 1999 πραγματοποίησε την πρακτική του άσκηση στη βιβλιοθήκη των ΑΣΚΙ ο τελειόφοιτος σπουδαστής του Τμήματος Βιβλιοθηκονομίας και Σχολής Διοίκησης των ΤΕΙ Αθήνας, κύριος Ισαάκ Σούσης. Ταυτόχρονα εργάστηκε για την εκπόνηση της διπλωματικής του εργασίας, με θέμα την αποδελτίωση και ευρετηρίαση του περιοδικού Ελεύθερα Γράμματα, πλήρη σειρά του οποίου βρίσκεται στις συλλογές περιοδικών εντύπων της βιβλιοθήκης των ΑΣΚΙ. Από τον Ιούλιο έως και τον Σεπτέμβριο η κυρία Θάλεια Γκόντα, δευτεροετής φοιτήτρια στο Τμήμα Αρχειονομίας και Βιβλιοθηκονομίας του Ιόνιου Πανεπιστημίου, εργάσθηκε, στο πλαίσιο της πρακτικής της άσκησης, για την ταξινόμηση του Αρχείου Γρηγόρη Γιάνναρου και την καταλογογράφηση των μοναδικών σειρών προκηρύξεων και μονόφυλλων που διασώζονται στις συλλογές της Εταιρείας.

Στην ετήσια Γενική Συνέλευση του Ιανουαρίου του 2000 εξελέγη το νέο Διοικητικό Συμβούλιο της Εταιρείας με την εξής σύνθεση: Φ. Ηλιού, πρόεδρος, Αντ. Λιάκος, αντιπρόεδρος, Σπ. Ασδραχάς γενικός γραμματέας, Ρ. Σταυρίδη-Πατρικίου, ταμίας, Ν. Κέντρος, ειδικός γραμματέας, Γ. Κουκουλές, Λ. Κύρκος, Ι. Παπαθανασίου, Κ. Φιλίνης, μέλη, Β. Καραμανωλάκης και Τ. Σακελλαρόπουλος, αναπληρωματικά μέλη. Μέλη της Επιτροπής Δεοντολογίας αναδείχθησαν ο Ν. Αλιβιζάτος, καθηγητής Ιστορίας Συνταγματικού Δικαίου του Πανεπιστημίου Αθηνών, η Αμ. Παπά αρχειονόμος στα Γενικά Αρχεία του Κράτους και ο Γ. Λεονταρίτης, ομότιμος καθηγητής Ιστορίας του Πανεπιστημίου Αθηνών. Μέλη της Εξελεγκτικής Επιτροπής εξελέγησαν ο Χρ. Λούκος και ο Δ. Σπάθης.